يقدم قسم الكيمياء الصيدلية برنامجين للدراسات العليا لنيل درجتي ماجستير العلوم في الكيمياء الصيدلية و دكتوراه الفلسفة في الكيمياء الصيدلية. إضافة لذلك فإن قسم الكيمياء الصيدلية، بالتعاون مع قسم الصيدلانيات ، يقدم برنامجاً مشتركاً لنيل درجة الماجستير في الرقابة النوعية للمستحضرات الصيدلية. كذلك يشارك القسم في برنامج الماجستير التنفيذي في التشريعات الدوائية.