انشئ قسم الصيدلية الاكلينيكية في عام 1399 /1400 هـ ، و يقوم القسم منذ ذلك التاريخ – مع باقي أقسام الكلية– بإعداد صيادلة يعملون في كافة مناطق المملكة و يقدمون الخدمات الصيدلية و الصحية للمواطن في جميع القطاعات العامة و الخاصة، و قد واكب القسم تقويم و تعديلات عدّة في خطة الدراسية تمشياً مع الخطة التعليمية والتطور المستمر في التعليم. ويهدف القسم إلى تعليم وتقديم صيادلة مهنيين يملكون أفضل التعليم، المساهمة في المجالات البحثية في مجال علم الصيدلة الاكلينيكية،
والمساهمة الفعالة في تطوير الخدمات الصحية و توعية المجتمع. ويسعى القسم بأن رائداً في تدريس وأبحاث علم الصيدلة الاكلينيكية محليّا واقليميا مع تقديم أفضل الخدمات الاكلينيكية للمستشفيات، المنشئات الصحية و المجتمع. ويقدم القسم مواد إكلينيكية تهيء الدارس للقيام بدور فعّال ضمن الفريق الصحي بعد التخرج، وبما يتلاءم مع احتياجات المهنة وتطورها، حيث تركز المواد في القسم على إمداد الطالب بالمعلومات الأولية عن الأمراض ومسبباتها وأعراضها وتطورها، وطرق الوقاية منها وعلاجها.
أيضا تحرص على تمكن الطالب من التعرف على طرق علاج الأمراض ومناقشة التأثير العلاجي للأدوية المختلفة، من خلال الفهم الصحيح لحركية الدواء والاختبارات الإكلينيكية، والمقدرة على التعرف على الأعراض الجانبية والسمية للأدوية. بالإضافة إلى تدريب الطالب في مجال الصيدلة الإكلينيكية وصيدلة المستشفيات ومراكز معلومات الأدوية والسموم، من خلال برامج التدريب العملي المكثف التي يتلقّاها الطالب في المستشفيات والصيدليات المجتمعية. ويقدم القسم الدراسات العليا في الصيدلة الإكلينيكية والتي تشمل الماجستير في الصيدلة الإكلينيكية، الإقامة العامة والتخصصية بالتعاون مع المدينة الطبية بجامعة الملك سعود، وبرامج الزمالة الإكلينيكية. كذلك يحتوي القسم على وحدة أبحاث اقتصاديات الدواء ووحدة الصيدلة المجتمعية واللتان تهدفان للبحث والتطوير في المجالات المعنية. ويسعى القسم أيضا للتوسع في برامج الدراسات العليا ليشمل برامج الدكتوراه الفلسفية والماجستير في تخصصات متنوعة خلال السنوات القليلة القادمة بإذن الله