بدء المركز كوحدة لأبحاث النباتات الطبية عام 1396 هـ تهتم بالمسح الشامل لثروة النباتات الطبية والعطرية والسامة في المملكة العربية السعودية للاستفادة منها في الأمور الاقتصادية والصيدلانية . وقد حفزت العودة العالمية إلى التداوي بالأعشاب لتحويل هذه الوحدة إلى مركز. لذلك وافق المجلس العلمي بجامعة الملك سعودعلى إنشاء مركز أبحاث النباتات الطبية والعطرية والسامة عام 1405 هـ ليصبح مركز أبحاث متكامل.
